Mutiara Tahfidz merupakan program unggulan yang dicanangkan oleh yayasan, program ini didedikasikan kepada seluruh civitas Yayasan Pendidikan Mutiara Madina agar senantiasa menghafal Al-Qur’an dari tahap dasar sampai dengan tahap professional dengan harapan mampu menciptakan generasi yang mandiri, berakhlaqul karimah sesuai dengan tata nilai qur’ani.